Day 12｜聚类与降维:K-Means、PCA、t-SNE 三件套（AI 学习笔记 · 经典机器学习周 · 第 12 篇）

2026-06-26· AI 与算法· ai-basics· 约 1 分钟 · 统计中…

无监督学习的两个核心任务是「找中心」(聚类)和「找主成分」(降维):K-Means 把样本分到 K 个簇,PCA 把高维数据压扁到方差最大的方向,t-SNE 再压到 2D 让人类能「看见」簇——三件套职责清晰,实战里基本是流水线组合使用。

1. K-Means:最小化簇内平方和

1.1 算法定义

把 n 个样本分到 K 个簇 {C_1, ..., C_K},最小化簇内平方和(WCSS / Inertia):

J = \sum_{k=1}^{K} \sum_{x \in C_k} \|x - \mu_k\|^2

其中 μ_k 是簇 C_k 的质心。算法本质是 Lloyd 算法(EM 的硬指派版本):

输入:样本 X (n, d), 簇数 K
1. 初始化 K 个质心 μ_1, ..., μ_K
2. repeat until 收敛:
    (a) 指派步:对每个 x_i, 把它分给最近的质心
        c_i = argmin_k  ‖x_i - μ_k‖²
    (b) 更新步:对每个簇, 重算质心为簇内均值
        μ_k = mean({x_i : c_i = k})
3. return c_1, ..., c_n, μ_1, ..., μ_K

1.2 K-Means 三种性质

性质	表现	影响
局部最优	不同初始化会得到不同结果	必须 K-Means++ + 多 n_init
凸簇偏好	对非凸(如月牙)切不动	改用谱聚类 / DBSCAN
等方差假设	默认所有簇方差相当	改用 GMM(概率版 K-Means)

1.3 K-Means++ 初始化

随机初始化容易把两个质心放到同一簇里。K-Means++ 让「后选的质心」离已有质心越远越好:

P(x \text{ 选为下一个质心}) = \frac{D(x)^2}{\sum_{x'} D(x')^2}

其中 D(x) 是 x 到最近已有质心的距离。这把 O(log K) 的近似最优解从纯随机的 0.0% 抬到 ~95%。

2. 选 K:肘部法则 + 轮廓系数

2.1 肘部法则(Elbow)

画 K vs J(K)(簇内平方和)。K 增大 J 单调下降,但拐点之后下降变缓——拐点就是「再加簇收益已经很小」的最优 K。

inertias = []
for k in range(1, 11):
    km = KMeans(n_clusters=k, n_init=10, random_state=42).fit(X)
    inertias.append(km.inertia_)
plt.plot(range(1, 11), inertias, 'bx-')
plt.xlabel('K'); plt.ylabel('Inertia'); plt.show()

2.2 轮廓系数(Silhouette)

样本 i 的轮廓系数:

s(i) = \frac{b(i) - a(i)}{\max(a(i), b(i))}

a(i) = i 到同簇其他点的平均距离(簇内紧密度)
b(i) = i 到最近异簇所有点的平均距离(簇间分离度)
s(i) ∈ [-1, +1],接近 1 表示分得对,接近 0 表示边界样本,-1 表示分错簇

最佳 K 是平均轮廓系数最大的 K。

指标	范围	越大越好	是否需要标签
Inertia	[0, ∞)	是(单调下降)	否
Silhouette	[-1, 1]	是	否
Davies-Bouldin	[0, ∞)	否	否
Calinski-Harabasz	[0, ∞)	是	否
ARI / NMI	[-1, 1]	是	是

3. PCA:方差最大化的线性投影

3.1 直观:找数据最「胖」的方向

把 d 维数据投影到 k 维子空间,希望保留最大方差。数学形式:找正交基 w_1, ..., w_k,最大化:

\max_{W^T W = I} \ \text{tr}(W^T \Sigma W) \quad \text{其中 } \Sigma = \frac{1}{n} X^T X

3.2 三种等价推导

最大方差 = 数据投影后方差最大
最小重构误差 = 投影后重建回原空间的 MSE 最小
协方差矩阵对角化 = 新基下协方差矩阵是对角阵

三者在数学上完全等价。解法都是 Σ 的特征值分解:

\Sigma v_i = \lambda_i v_i

特征向量 v_i = 第 i 主成分(投影方向)
特征值 λ_i = 第 i 主成分的方差
按 λ 从大到小排列,前 k 个组成新基

3.3 算法步骤

输入:X (n, d), 目标维度 k
中心化: X ← X - X.mean(axis=0)
(推荐) 标准化: X ← X / X.std(axis=0)
计算协方差矩阵 Σ = X.T @ X / (n - 1)
特征值分解: eigvals, eigvecs = eigh(Σ)
取前 k 大特征值对应的特征向量 V_k (d, k)
投影: Z = X @ V_k   (n, k)

3.4 解释方差比与选 k

\text{Explained Variance Ratio}_i = \frac{\lambda_i}{\sum_j \lambda_j}

累计解释方差比:

\text{Cumulative EVR}(k) = \frac{\sum_{i=1}^{k} \lambda_i}{\sum_{j=1}^{d} \lambda_j}

工程经验:Cumulative EVR ≥ 95% 或画 scree plot 看拐点。

3.5 PCA 的边界

线性:只能捕捉线性结构,流形数据需 KernelPCA / t-SNE / UMAP
正交:主成分相互正交,可能错过非正交重要方向(ICA)
方差≠信息:对监督任务,小方差方向反而可能包含关键判别信息

4. t-SNE:非线性可视化

4.1 核心思想

在高维空间,计算样本两两相似度(用高斯分布);在低维空间,用 Student-t 分布匹配这个相似度;通过 KL 散度优化低维坐标。

4.2 高维相似度

p_{j|i} = \frac{\exp(-\|x_i - x_j\|^2 / 2\sigma_i^2)}{\sum_{k \neq i} \exp(-\|x_i - x_k\|^2 / 2\sigma_i^2)}

σ_i 由 perplexity 控制:每个点的「有效邻居数」。对称化:

p_{ij} = \frac{p_{j|i} + p_{i|j}}{2n}

4.3 低维相似度(Student-t)

q_{ij} = \frac{(1 + \|y_i - y_j\|^2)^{-1}}{\sum_{k \neq l} (1 + \|y_k - y_l\|^2)^{-1}}

t 分布重尾 → 缓解「拥挤问题」(高维距离聚集到中距离,低维需要更夸张的差异才能区分)。

4.4 KL 散度优化

\mathcal{L} = \sum_{i \neq j} p_{ij} \log \frac{p_{ij}}{q_{ij}}

梯度下降更新 y_i,训练结束得到 2D/3D 嵌入坐标。

4.5 perplexity 参数

perplexity	效果
太小(1~5)	太局部,假簇
推荐(30~50)	全局+局部平衡
太大(>100)	太全局,丢失精细结构

4.6 t-SNE 的「不能」

簇间距离失真:A 簇和 B 簇在 t-SNE 图上的远近不代表真实距离
簇大小失真:簇在图上的大小不代表真实密度
不可用于下游:t-SNE 是可视化工具,不是特征提取器;真要用低维特征做分类,选 PCA / UMAP
不可重复:不同 random_state 出来的图不一样(局部一致,全局不一致)

4.7 UMAP: t-SNE 的现代替代

UMAP 同样是非线性流形学习方法,但有几大优势:

维度	t-SNE	UMAP
理论基础	概率分布匹配	Riemann几何 + 代数拓扑
训练速度	O(n²)	O(n log n) 或近似线性
支持 transform	无	有(可对新样本嵌入)
全局结构	弱(簇间距离失真)	较强(保留拓扑)
簇大小	失真	接近真实
大数据(>100k)	慢	快
实现库	sklearn / openTSNE	umap-learn

import umap
reducer = umap.UMAP(n_components=2, n_neighbors=15, min_dist=0.1, random_state=42)
Z_umap = reducer.fit_transform(X)        # 训练
Z_new = reducer.transform(X_new)         # 新样本(可用)

n_neighbors 对应 t-SNE 的 perplexity,min_dist 控制簇内紧凑度。

4.8 PCA / t-SNE / UMAP 怎么选

场景	推荐
只想快速看 2D 分布	t-SNE (perplexity=30)
需要 transform / 上线	UMAP
超大数据(>1M)	UMAP / openTSNE
需要可解释的主成分	PCA
下游任务用低维特征	PCA / UMAP
流形结构(如 Swiss roll)	UMAP / Isomap / LLE

5. PyTorch / sklearn 实战

5.1 K-Means + 选 K 全流程

import numpy as np
from sklearn.datasets import load_iris
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.cluster import KMeans
from sklearn.metrics import silhouette_score
import matplotlib.pyplot as plt

X = load_iris().data
X = StandardScaler().fit_transform(X)

# 1. 选 K
Ks = range(2, 11)
sil = []
for k in Ks:
    km = KMeans(n_clusters=k, n_init=10, random_state=42).fit(X)
    sil.append(silhouette_score(X, km.labels_))
best_k = list(Ks)[np.argmax(sil)]
print(f"Best K by silhouette: {best_k}, score: {max(sil):.3f}")

# 2. 最终聚类
km = KMeans(n_clusters=best_k, n_init=10, random_state=42).fit(X)
print("Inertia:", km.inertia_)
print("Centroid shape:", km.cluster_centers_.shape)  # (best_k, d)

# 3. 2D 可视化
plt.figure(figsize=(12, 4))
plt.subplot(1, 2, 1); plt.plot(Ks, sil, 'bx-'); plt.xlabel('K'); plt.ylabel('Silhouette')
plt.subplot(1, 2, 2); plt.scatter(X[:, 0], X[:, 1], c=km.labels_, cmap='viridis', s=20)
plt.title(f'K-Means (K={best_k})')
plt.show()

5.2 PCA 降到 95% 方差 + 反变换误差

from sklearn.decomposition import PCA

pca = PCA(n_components=0.95, random_state=42)  # 自动选 k
Z = pca.fit_transform(X)
print("降到", Z.shape[1], "维")
print("各主成分 EVR:", pca.explained_variance_ratio_)
print("累计 EVR:", pca.explained_variance_ratio_.sum())

# 反变换回原空间,看信息损失
X_rec = pca.inverse_transform(Z)
mse = np.mean((X - X_rec) ** 2)
print(f"Reconstruction MSE: {mse:.4f}")

5.3 t-SNE 可视化 MNIST

from sklearn.datasets import fetch_openml
from sklearn.manifold import TSNE
import time

# 取 MNIST 子集
mnist = fetch_openml('mnist_784', version=1, as_frame=False)
X, y = mnist.data[:5000], mnist.target[:5000].astype(int)
X = X / 255.0  # 归一化到 [0,1]

t0 = time.time()
Z = TSNE(n_components=2, perplexity=30, n_iter=1000,
         random_state=42, init='pca', learning_rate='auto').fit_transform(X)
print(f"t-SNE 用时 {time.time()-t0:.1f}s, Z shape: {Z.shape}")

plt.figure(figsize=(8, 6))
plt.scatter(Z[:, 0], Z[:, 1], c=y, cmap='tab10', s=5, alpha=0.7)
plt.colorbar(); plt.title('MNIST t-SNE'); plt.show()

5.4 「PCA → t-SNE」标准流水线

# 套路:先 PCA 降到 50 维降噪,再 t-SNE 降到 2D
Xp = PCA(n_components=50, random_state=42).fit_transform(X)
Z = TSNE(n_components=2, perplexity=30, init='pca').fit_transform(Xp)
# 这样比直接对 784 维做 t-SNE 快 5~10 倍,效果几乎一样

5.5 MiniBatchKMeans 大数据聚类

from sklearn.cluster import MiniBatchKMeans

# 1M+ 样本时用 MiniBatchKMeans
mbk = MiniBatchKMeans(n_clusters=10, batch_size=1024,
                      n_init=3, random_state=42)
mbk.fit(X_large)
labels = mbk.predict(X_large)
print("Inertia:", mbk.inertia_)

MiniBatchKMeans 用小批量梯度下降近似 K-Means,精度损失 1~3%,速度提升 5~10 倍。

5.6 评估指标对比

from sklearn.metrics import (silhouette_score, calinski_harabasz_score,
                             davies_bouldin_score, adjusted_rand_score,
                             normalized_mutual_info_score)

# 无标签评估
print("Silhouette       :", silhouette_score(X, km.labels_))
print("Calinski-Harabasz:", calinski_harabasz_score(X, km.labels_))
print("Davies-Bouldin   :", davies_bouldin_score(X, km.labels_))

# 有真实标签(假设有 ground truth y_true)
print("ARI              :", adjusted_rand_score(y_true, km.labels_))
print("NMI              :", normalized_mutual_info_score(y_true, km.labels_))

ARI / NMI 需要真实标签,范围 0, 1,越高越好
Silhouette / CH / DB 都是无标签度量,适合「完全无监督」场景
ARI 修正了随机标签下的期望;NMI 基于信息论,语义清晰

6. K-Means vs PCA vs t-SNE

维度	K-Means	PCA	t-SNE
任务类型	聚类	线性降维	非线性可视化
输出	簇标签 (n,)	低维向量 (n, k)	2D/3D 坐标 (n, 2/3)
算法性质	迭代(EM-like)	特征值分解(闭式)	梯度下降迭代
复杂度	O(n · K · 迭代)	O(d² · n + d³)	O(n²)
超参	K	k 或 0.95	perplexity
尺度敏感	是(必 StandardScaler)	是(必 StandardScaler)	是
输出可解释	簇中心 + 簇标签	主成分(特征向量)	不可解释,只可视化
可重复	取决于 init	完全确定	取决于 random_state
用于下游	K-Means 标签可作特征	PCA 特征可作特征	不可
大数据	MiniBatchKMeans	IncrementalPCA / RandomizedPCA	openTSNE / UMAP

7. 常见坑

7.1 K-Means 忘了 StandardScaler

症状:K-Means 把方差大的特征当主轴,簇被量级绑架修法:必先 StandardScaler,对类别特征先 one-hot 再缩放

7.2 调 `n_init=1`

症状:不同 random_state 出来结果大相径庭修法:n_init=10(sklearn 默认)自动跑 10 次取 inertia 最小

7.3 PCA 不缩放直接做

症状:第一个主成分被「收入」这种量级万的特征绑架,其它特征被压扁修法:StandardScaler → PCA;如果特征本来就同尺度(像素 0~255)可免

7.4 PCA 后用 K-Means,但簇奇怪

症状:降到 2D 看见簇,K-Means 在原空间分不开原因:PCA 保留方差最大方向,但 K-Means 想要的是「分得开」的方向修法:K-Means 前 PCA 仅作降维加速;若监督场景,改用 LDA(标签信息指导投影方向)

7.5 t-SNE 簇间距离拿来当度量

症状:报告「A 簇和 B 簇在 t-SNE 图上相距 0.5,B 簇和 C 簇相距 2.0,所以 A≈B」修法:t-SNE 只保留「邻居」关系,簇间距离无意义;需要度量用 PCA + 欧氏 / 余弦

7.6 t-SNE 对 MNIST 全量跑

症状:t-SNE 跑了 2 小时内存 OOM 修法:先 PCA 降到 50 维,再 t-SNE;或用 openTSNE / UMAP(线性复杂度)

7.7 perplexity 设 5

症状:图上每个点都是孤立簇修法:MNIST / Fashion-MNIST 类用 perplexity=30;小数据集用 5~15

7.8 t-SNE 出来的特征拿去训下游模型

症状:换 random_state 后特征全变,模型表现浮动修法:t-SNE 只用作可视化,绝不作特征;特征提取用 PCA / UMAP(后者可拟合 transform)

7.9 类别特征被当连续送进 K-Means

症状:簇没有可解释意义修法:类别特征先 one-hot + 缩放,或用 K-Prototypes(混合数值+类别)

7.10 PCA 后用「原来的特征名」解释主成分

症状:报告「主成分 1 = 收入 + 0.7」这种表达但收入是 0~1 标准化后的原因:PCA 后特征是原特征的线性组合,解释时需先 reverse StandardScaler 修法:把 pca.components_ 矩阵乘以 1/std,再绘制 biplot

7.11 MiniBatchKMeans 默认 batch_size

症状:大数据上跑 MiniBatchKMeans 速度仍慢修法:batch_size=1024~4096 提速 5~10 倍,精度略降

8. 自检三问

A. K-Means 为什么一定要先做 StandardScaler?从 K-Means 目标函数的角度推导量级差异的影响。

要点:K-Means 目标 J = Σ ‖x - μ‖² 中距离是欧氏距离;若某特征方差 1000,另一方差 1,前者的差异完全主导 J,后者几乎不参与簇划分。StandardScaler 让所有特征量级一致,J 才真正反映「形状」。详见 §1 + §7.1。

B. PCA 保留多少个主成分才合理?能否从「累计解释方差」和「scree plot 拐点」两个角度给出选 k 的判据?

要点:① 累计解释方差 ≥ 80%~95%(数据/任务定);② scree plot 中特征值骤降的拐点(从陡变缓的位置);③ 交叉验证:PCA + 下游模型调 k 选最优。详见 §3.4。

C. t-SNE 能用来计算样本间距离做 KNN 分类吗?为什么说「簇间距离无意义」?从优化目标和 t 分布重尾两个角度答。

要点:① t-SNE 优化目标是「匹配高维邻居概率分布」,不是「保持全局距离」,簇间距离是优化副产品;② t 分布重尾让远点差异被夸大,但这个差异是「为了可视化清晰」人为引入的。结论:只能用来「看簇在不在」,不能「量距离」,更不能当特征。详见 §4.5-4.6。

9. 推荐资源

视频

StatQuest《K-Means》《PCA》《t-SNE》 —— 三个独立视频,各 15 分钟,图解最强
3Blue1Brown《线性代数的本质》 —— 特征向量 / 特征值的几何直觉
李宏毅《机器学习》无监督章节 —— 中文推导完整

教科书

《统计学习导论》(ISLR) 第 10 章 —— PCA 数学
《Pattern Recognition and Machine Learning》(PRML) 第 12 章 —— 连续潜变量 + PCA 概率视角
**《动手学机器学习》(D2L)》第 13 章 —— PCA + k-means 实战

论文

MacQueen 1967《Some Methods for Classification and Analysis of Multivariate Observations》 —— K-Means 原论文
Arthur & Vassilvitskii 2007《k-means++: The Advantages of Careful Seeding》 —— K-Means++ 论文
Pearson 1901《On Lines and Planes of Closest Fit to Systems of Points in Space》 —— PCA 鼻祖
van der Maaten & Hinton 2008《Visualizing Data using t-SNE》 —— t-SNE 原论文
McInnes, Healy, Melville 2018《UMAP: Uniform Manifold Approximation and Projection》 —— t-SNE 替代

博客 / 课程

Distill.pub《How to Use t-SNE Effectively》 —— 必读,讲清所有坑
《sklearn 文档:Clustering》 —— KMeans / DBSCAN / SpectralClustering 完整接口
《sklearn 文档:PCA》 —— 解释清楚 explained_variance_ratio_
《sklearn 文档:t-SNE》 —— perplexity / early_exaggeration 参数含义

代码

scikit-learn cluster 模块 —— KMeans / DBSCAN / AgglomerativeClustering / SpectralClustering
scikit-learn decomposition 模块 —— PCA / KernelPCA / TruncatedSVD / NMF / FactorAnalysis
scikit-learn manifold 模块 —— TSNE / Isomap / LocallyLinearEmbedding / SpectralEmbedding
umap-learn —— UMAP 的 Python 实现,t-SNE 最佳替代
openTSNE —— t-SNE 的快速版,支持 transform

10. 本节要点

K-Means 是 Lloyd 算法,最小化簇内平方和;必先 StandardScaler,用 K-Means++ 初始化,n_init≥10,选 K 用轮廓系数 + 肘部法则。
PCA 是协方差矩阵的特征值分解,前 k 个大特征值对应的特征向量是主成分;必先 StandardScaler,选 k 用累计 EVR ≥ 95% 或 scree plot 拐点。
t-SNE 是非线性可视化工具,KL 散度匹配高斯-Student t 概率分布;perplexity 30~50 推荐;只保留邻居结构,簇间距离无意义,不能用于下游。
选 K 三件套:轮廓系数(无标签)/ ARI+NMI(有标签)/ 业务目标驱动。
标准流水线:StandardScaler → PCA(可选降维加速)→ K-Means / t-SNE(可视化)。
t-SNE 替代:大数据用 UMAP / openTSNE;需要新样本 transform 选 UMAP / parametric t-SNE。
PCA 边界:线性 + 正交,非线性和非正交结构抓不到;KernelPCA 是非线性扩展但用得少。

11. 下一节:Day 13 · 模型评估与调参

主题:交叉验证、网格搜索、过拟合诊断。覆盖:

K-Fold 交叉验证:用数据自身的多次拆分模拟泛化误差,K=5 vs K=10 的偏差-方差权衡
三种 CV 变体:Stratified K-Fold(分层)、TimeSeriesSplit(时间序列,严禁随机)、Group K-Fold
网格搜索 vs 随机搜索:Bergstra & Bengio 2012 证明同等预算下随机搜索通常更优
过拟合工具箱:L1/L2/ElasticNet 正则化、Dropout、Early Stopping、Data Augmentation、简化模型
学习曲线:Bias-Variance Tradeoff 的诊断利器,两条曲线都低→欠拟合,差距大→过拟合

产出物:cross_val_score + GridSearchCV 在鸢尾花 / 房价数据集上跑通,绘制 train/val 学习曲线诊断偏差-方差。

作者:林馨予 + 林晓月 最后更新:2026-07-04 版权:CC BY-NC-SA 4.0

说明 · 本站内容均为学习笔记与经验总结,所有菜谱与技法请结合实际食材、季节与个人口味灵活调整。涉及生食、营养与健康的内容仅供参考,特殊体质或疾病请咨询专业营养师/医生。

1. K-Means:最小化簇内平方和

1.1 算法定义

1.2 K-Means 三种性质

1.3 K-Means++ 初始化

2. 选 K:肘部法则 + 轮廓系数

2.1 肘部法则(Elbow)

2.2 轮廓系数(Silhouette)

3. PCA:方差最大化的线性投影

3.1 直观:找数据最「胖」的方向

3.2 三种等价推导

3.3 算法步骤

3.4 解释方差比与选 k

3.5 PCA 的边界

4. t-SNE:非线性可视化

4.1 核心思想

4.2 高维相似度

4.3 低维相似度(Student-t)

4.4 KL 散度优化

4.5 perplexity 参数

4.6 t-SNE 的「不能」

4.7 UMAP: t-SNE 的现代替代

4.8 PCA / t-SNE / UMAP 怎么选

5. PyTorch / sklearn 实战

5.1 K-Means + 选 K 全流程

5.2 PCA 降到 95% 方差 + 反变换误差

5.3 t-SNE 可视化 MNIST

5.4 「PCA → t-SNE」标准流水线

5.5 MiniBatchKMeans 大数据聚类

5.6 评估指标对比

6. K-Means vs PCA vs t-SNE

7. 常见坑

7.1 K-Means 忘了 StandardScaler

7.2 调 n_init=1

7.3 PCA 不缩放直接做

7.4 PCA 后用 K-Means,但簇奇怪

7.5 t-SNE 簇间距离拿来当度量

7.6 t-SNE 对 MNIST 全量跑

7.7 perplexity 设 5

7.8 t-SNE 出来的特征拿去训下游模型

7.9 类别特征被当连续送进 K-Means

7.10 PCA 后用「原来的特征名」解释主成分

7.11 MiniBatchKMeans 默认 batch_size

8. 自检三问

9. 推荐资源

视频

教科书

论文

博客 / 课程

代码

10. 本节要点

11. 下一节:Day 13 · 模型评估与调参

7.2 调 `n_init=1`